Se conserva aún la capilla privada desde donde las Clarisas Capuchinas escuchaban misa. Bajo el coro se halla una cripta que contiene las tumbas de doscientos setenta monjas Clarisas Capuchinas.
Es tradicional en la iglesia de San Juan. Todos los días, numerosos fieles acuden a venerar la imagen del Nazareno, a veces trayendo flores como ofrenda.
La Iglesia de San Juan Bautista es actualmente la Casa Provincial de los Padres del Sagrado Corazón de Jesús de Betharram, para Argentina y Uruguay.
Historia de la Iglesia de San Juan Bautista
1654 Bajo el patrocinio del Ilmo. Fray Cristóbal de la Mancha y Velazco se construye la primitiva iglesia fue hecha.
1719 utilizando los restos de la iglesia primitiva se construye un nuevo templo.
1769 Se reedificó totalmente en 1769, siendo demolida en 1778.
1797 Fecha que data su actual construcción funcionando como Iglesia para Curato de Indios.
1747 Pasa a ser parte del Convento de las Monjas Clarisas Capuchinas.
1806/1807 Bajo el “Patio de la Reconquista” son enterrados los combatientes de las Invasiones Inglesas de 1806 y 1807, tanto criollos como ingleses.
1895 Se diseña y realiza la fachada.